A área de concentração do programa desdobra-se em três linhas de pesquisa, que articulam abordagens evolutivas, ecossistêmicas e das relações entre populações humanas e o ambiente.
Ecologia Evolutiva e de Populações
Linha voltada ao entendimento de padrões e processos sob uma abordagem evolutiva e centrada na ecologia de interações. Inclui estudos sobre estrutura genética de populações de espécies-chave — monodominantes, adaptadas a áreas altitudinais, zonas de ecótone ou solos ricos em metais pesados —, filogeografia e conservação de espécies, além de interações parasito-hospedeiro, inseto-planta e microbiológicas. Reúne também pesquisas sobre as relações das populações humanas com a natureza e os determinantes culturais, ambientais, educacionais, econômicos, evolutivos, sociológicos e demográficos que as moldam.
Comunidades e Funcionalidade de Ecossistemas
Concentra-se no entendimento das comunidades, dos padrões e processos subjacentes e de sua diversidade, bem como dos processos ecossistêmicos e suas funções. Agrega estudos sobre ciclagem de matéria e energia em ecossistemas florestais, efeito da poluição sobre a fisiologia de plantas, recuperação de áreas degradadas, dinâmicas de ambientes lacustres temporários, padrões de polinização e diversidade de invertebrados em ecossistemas aquáticos e terrestres, rupestres e florestais.
Ecologia Humana
Os estudos desenvolvidos na linha de pesquisa em Ecologia Humana concentram-se na análise das consequências das ações antrópicas sobre os ecossistemas e de seus efeitos diretos e indiretos na saúde, na qualidade de vida, no bem-estar das comunidades e nas dinâmicas socioeconômicas. Também constituem objetos de investigação o uso dos recursos naturais e os impactos das mudanças ambientais sobre as relações entre as populações humanas e esses recursos. Além disso, a linha contempla estudos voltados às estruturas sociais relacionadas às questões de gênero, buscando compreender como tais estruturas influenciam a organização do trabalho e a inserção profissional de ecólogas e ecólogos.