O PPGEBT tem como principal linha de atuação a ecologia de campos rupestres altitudinais e ecossistemas abertos, com ações transversais que alcançam a geologia, o turismo ambiental, a engenharia ambiental e a ecologia humana.
A formação do discente prioriza o caráter multidisciplinar, com ênfase na pesquisa em ecossistemas terrestres e aquáticos altitudinais do Quadrilátero Ferrífero, sua biodiversidade, processos estruturais, invasões biológicas, serviços ecossistêmicos e vulnerabilidade à ação antrópica e às mudanças climáticas.
A proximidade da UFOP às áreas de alto endemismo da Serra do Espinhaço (Reserva da Biosfera) e às nascentes e aquíferos de duas grandes bacias do país (Rio das Velhas e Rio Doce), confere singularidade ao desenvolvimento de pesquisas em ecologia de ecossistemas aquáticos e terrestres.